No se conoce con seguridad donde nació hacia 1516. Según algunos autores, habría llegado al mundo en Medina de Rioseco, mientras otros señalan que ello sucedió en el poblado de Villermalo de Castilla la Vieja. Fue hijo de Francisco Jufré y de Cándida de Montesa. Contrajo matrimonio en Chile (1555) con Constanza de Meneses.
Su llegada a América puede datarse hacia 1538, cuando arribó al Perú, y posteriormente viajó a Chile junto a Pedro de Valdivia. Estuvo presente en la fundación de Santiago y en las primeras campañas contra los indígenas.
En el Cabildo de Santiago ocupó diversos cargos, tales como el de alcalde y regidor en las décadas de 1550 y 1570. Además, en 1556 fue alférez real de la misma institución y en 1568 la representó ante la Real Audiencia establecida en Concepción.
Juan Jufré se destacó también por desarrollar importantes actividades económicas -estableció un molino y fue propietario de algunos barcos-, que le permitieron amasar una fortuna personal.
Murió en Santiago en 1578 y sus restos fueron enterrados en la Iglesia de Santo Domingo.
La guerra civil del Perú
En 1541, el Gobernador de Perú, Francisco Pizarro, fue asesinado por Diego de Almagro el Mozo, en venganza de la muerte de su padre. Ante estos hechos, la Corona, consciente de la importancia de aquel territorio, decidió convertirlo en virreinato.
Esta determinación, que contrariaba los intereses de los hermanos del difunto Gobernador -quienes pretendían tener derechos de herencia sobre el gobierno de aquellas tierras-, originó una guerra civil en la cual Pedro de Valdiviá debió intervenir del lado del Rey. Juan Jufré fue uno de los hombres de confianza del conquistador que los acompañaron en esta aventura, que terminó con la rendición de los sublevados en 1548.
La Guerra de Arauco y la experiencia trasandina
En Chile, Jufré participó activamente en la Guerra de Arauco, obteniendo el título de capitán y justicia de la provincia de Arauco. Después de la muerte de Valdivia en Tucapel (1553), socorrió a la población e inició una campaña contra los indígenas, derrotándolos en Peteroa. Luego, bajo el gobierno de García Hurtado de Mendoza (1557-1561), participó en la nueva fundación de Concepción.
Cuando Francisco de Villagra asumió la gobernación de Chile, Jufré fue nombrado teniente de Gobernador de la provincia de Cuyo, por lo que debió trasladarse a la recién fundada Mendoza. Allende Los Andes, Jufré fundó la ciudad de San Juan de la Frontera (1561).
En octubre de 1562, en conocimiento de la complicada situación de Chile y de la derrota que Villagra sufrió en Mariguano, Jufré cruzó la cordillera, retomó su cargo de teniente de Gobernador y envió ayuda al Sur. Durante los años del gobierno de la Real Audiencia siguió participando activamente en la guerra.
