Nació en Santiago el 24 de marzo de 1846. Fue hijo de Elías de La Torre -de origen peruano, pero representante en Chile de la República de Bolivia- y de la dama chilena Nicomedes Benavente Valenzuela. A la muerte del padre en 1855, la familia se dispersó.
Sus hermanos Elías y Fernando Adolfo se quedaron Lima y su hermana Laura se casó con un diplomático brasileño. Juan José contrajo matrimonio con Julia del Carmen Moreno Zuleta, hija del explorador y minero del cobre nortino José Antonio Moreno, el 6 de mayo de 1882, con la cual tuvo 3 hijas y 2 hijos.
Estudió en el Colegio Inglés de Valparaíso, donde fue compañero de curso de Carlos Condell y se destacó por su buen rendimiento. Su gran interés por el mar lo llevó a ingresar en mayo de 1858 a la Escuela Naval, donde participó del llamado curso de los héroes, con compañeros como Condell, Jorge Montt, Arturo Prat, Ignacio Serrano, Luis Uribe y Juan Manuel Simpson.
En julio de 1861 concluyó su formación teórica en la Escuela Naval y se incorporó a la Esmeralda, donde se especializó en trabajos hidrográficos, logrando ser guardiamarina examinado en mayo de 1865. Fue ascendido a teniente 2º en noviembre del mismo año.
Primeras acciones militares
Al momento de declararse la guerra con España en 1865, Latorre prestaba servicios en la Esmeralda. Por esto, su primera participación en la lucha fue como artillero en la captura de la nave española Covadonga y en el Combate de Abtao en 1866.
Como capitán de corbeta efectivo, en 1876 le correspondió -a bordo de la cañonera Magallanes- capturar al barco francés Jeanne Amelie, que cargaba guano en la Patagonia al sur del río Santa Cruz.
En 1877, como capitán de fragata graduado, efectuó exploraciones hidrográficas llevando al naturalista Enrique Ibar por los mares del Estrecho de Magallanes y por la región austral de la Patagonia. Inspirado en estos viajes, publicó en 1878 Estudios sobre las Aguas del Skyring y la Paret Austral de la Patagonia por el Comandante y Oficiales de la Corbeta Magallanes.
La guerra con Perú y Bolivia
A comienzos de abril de 1879, habiendo Chile declarado la guerra a Perú y Bolivia, el comandante Latorre se embarcó en la Magallanes rumbo a Iquique. Allí se enfrentó por primera vez con los peruanos el día 12 de ese mes en el Combate de Chipana, conocido como la primera acción naval de la guerra.
El Combate Naval de Iquique, en mayo siguiente, generó en la Armada chilena una reacción de energía y voluntad de terminar la guerra cuanto antes, llevando a multiplicar los enfrentamientos y persecuciones a las naves peruanas. Al mando de la Magallanes, Latorre tuvo su primera oportunidad de enfrentarse al mejor barco peruano, el Huáscar, en julio de 1879. Ello ocurrió en la bahía de Iquique, cuando se trataba de salvar al transporte Matías Cousiño; sin embargo, el Huáscar escapó ante la superioridad de número de la naves chilenas.
El Combate de Angamos
En septiembre de 1879 Latorre fue nombrado comandante del blindado Almirante Cochrane. Su más importante acción naval fue el Combate de Angamos, en octubre de 1879, donde falleció el almirante Miguel Grau y el monitor Huáscar fue capturado. En esta acción demostró su pericia, recibiendo un reconocimiento multitudinario en Santiago y su ascenso a capitán de navío. Luego de la rendición de Iquique, a bordo del Cochrane Latorre se ocupó del bloqueo de la costa peruana, siendo su labor fundamental para ayudar en la captura de Arica.
Reforzó el bloqueo del Callao y colaboró con la Escuadra en las batallas de Chorillos y Miraflores en enero de 1881, bombardeando posiciones peruanas. Una vez terminada la Batalla de Chorillos, se dirigió al Callao con el Cochrane para relevar al Huáscar y a la Pilcomayo. Esta fue la última actuación de Latorre en la Guerra del Pacífico. El 14 de febrero de 1882 fue ascendido a comandante de la Escuadra, cuando todavía no cumplía los 36 años de edad.
1891: fiel a la Constitución
Entre 1882 y 1884, con la paz conseguida en la guerra, Latorre se dedicó a formar una familia. En junio de 1884 fue ascendido a contralmirante y continuó como comandante de la Escuadra hasta que en octubre de ese mismo año fue disuelta por el gobierno.
Entre 1884 y 1887 el gobierno de José Manuel Balmaceda lo comisionó para viajar a Europa en dos oportunidades, con la misión de vigilar la reparación y construcción de nuevos cruceros para Chile, ya que modernizar la Escuadra era un imperativo del gobierno. Asimismo, viajó a Alemania a la moderna fábrica Krupp, con el objetivo de comprar las baterías que necesitaban las defensas portuarias de Valparaíso y Talcahuano.
Mientras se encontraba comisionado en Europa, estalló la sublevación de la Armada en contra del Presidente Balmaceda. Su antiguo compañero de estudios, el ahora almirante Jorge Montt, lo instó a adherirse a los amotinados. Obediente de las leyes y la Constitución, Latorre no aceptó y tuvo que afrontar las medidas de los vencedores de la guerra civil de 1891, quienes injustamente lo borraron del escalafón de la Marina, quitándole todos sus títulos.
La restitución de su honor
Juan José Latorre regresó a Chile en 1894. Fue elegido senador por Valparaíso por cuatro períodos, hasta 1906. En 1897 se le devolvió su grado y el Presidente Errázuriz Echaurren lo nombró ministro de Relaciones Exteriores. Renunció al cargo en diciembre del mismo año. Se retiró a la vida privada y se radicó en Viña del Mar. El Presidente Pedro Montt Montt le restituyó su honor con una ley de febrero de 1908, ascendiéndolo a vicealmirante de la Armada y le otorgó el sueldo correspondiente a personal en servicio activo de acuerdo a su rango. Falleció en su hogar el 9 de julio de 1912.
Muere Alejo Carpentier