Nació en La Serena el 4 de agosto de 1871.
Estudió en la Escuela Pública de La Serena y en 1887, se trasladó a Santiago a estudiar Medicina, pero terminó en la carrera de Derecho, titulándose en 1902.
Cuando aún cursaba leyes ingresó al Instituto Pedagógico, titulándose como profesor de Historia, Geografía y Filosofía (1892). Comenzó su carrera como docente en el Liceo de Chillán (hasta 1903). Luego se trasladó al Liceo de Concepción (actual Liceo Enrique Molina) y permaneció allí impartiendo clases hasta 1905. Ese mismo fue año ocupó el cargo de rector del Liceo de Hombres de Talca hasta 1915.
Por su desempeño, en 1911, el gobierno lo envió a perfeccionarse en pedagogía y administración de universidades a Alemania y Francia.
Luego, se hizo cargo de la rectoría del Liceo de Concepción y desde ese puesto promovió la idea de fundar un centro de educación superior en esa ciudad. Esto lo llevó a presentar un proyecto al presidente Sanfuentes. Sin embargo, no tuvo éxito inmediato en eso y se abocó a reunir fondos para la nueva universidad.
Fue enviado por el gobierno a Estados Unidos para conocer los sistemas universitarios de ese país (1918). Bajo esta influencia, nació la Universidad de Concepción, de la cual Molina fue uno de sus fundadores. En 1919, llegó al cargo de rector hasta 1956. Ese año se le otorgó el título de rector honorario vitalicio de la Universidad de Concepción y el de profesor honoris causa de la Universidad de Chile. Entre 1947 y 1948, se desempeñó como ministro de Educación de Gabriel González Videla.
Falleció el 6 de marzo de 1964.
Su obra escrita
En su extensa carrera docente, Enrique Molina produjo gran cantidad de artículos, libros y estudios, centrados en temáticas filosóficas, pedagógicas y sociológicas, así como también en lo aprendido en sus viajes. Su obra filosófica lo convirtió en el más prestigioso filósofo americano de su tiempo.
