Norman Myers, ecólogo británico reconocido por sus trabajos referentes a la biodiversidad del planeta, fue quien en 1988 acuñó por primera vez el término hotspot. Ese año, Myers identificó diez bosques tropicales en condiciones críticas debido al excepcional nivel de endemismo que presentaban y a las elevadas tasas de destrucción de su hábitat. Sin embargo, esto fue una primera aproximación, ya que aún no se precisaban los criterios cuantitativos para definir lo que realmente era un hotspot.
En 1996, la organización Conservation International y el ecólogo británico decidieron asumir juntos la tarea de evaluar las diversas zonas ecológicas de nuestro planeta, estableciendo un parámetro preciso para hablar de hotspot. Los dos factores clave en las evaluaciones efectuadas fueron el nivel de endemismo y el grado de amenaza en el que se encontraban las especies, considerando su notoriamente restringido rango de distribución y aquellas más susceptibles a la extinción.
Tras un par de años de estudios, se definió que los hotspots eran aquellas zonas en las que, al menos, existían 1.500 especies de plantas vasculares endémicas y, además, donde se había perdido cerca de 70% de la vegetación original.
El análisis reveló que 25 lugares del planeta cumplían con estos requisitos. Estos, si bien ocupaban sólo el 1,4% de toda la superficie de la Tierra, contaban con la mayor concentración de la biodiversidad animal y vegetal del mundo. Incluso, varios de estos sitios, como las islas de Madagascar y Borneo, son considerados verdaderas reservas de la historia evolutiva de animales y vegetales, ya que allí se conservan especies únicas con diferentes adaptaciones y, en algunos casos, que cuentan con un escaso desarrollo evolutivo.
Los principales problemas que deben enfrentar cada una de estas zonas son la destrucción y fragmentación del hábitat, la introducción de especies invasivas, la explotación humana directa de la fauna y flora (con fines industriales, farmacológicos, etc.), el comercio ilegal de mascotas, el cambio climático y la deforestación comercial.
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