Nació en Santiago el 21 de octubre de 1852. Estudió en el Instituto Nacional, y luego ingresó a la Universidad de Chile, donde se tituló como abogado en marzo de 1873.
En 1874, el ministro de Relaciones Exteriores Adolfo Ibáñez lo nombró secretario de la legación en el Perú. Trasladado a Lima, descubrió su vocación intelectual por el contacto con los archivos coloniales acumulados en la antigua capital del virreinato.
Luego de esto se dirigió a Estados Unidos (1876) y de ahí a Europa.
Visitó Inglaterra, logrando estudiar en el Museo Británico temas de la literatura colonial de Chile; luego pasó a París y de ahí a España, en donde estuvo investigando en el Archivo de Indias.
En 1877, regresó a Chile y publicó en Santiago Historia de la Inquisición en Lima y, al año siguiente, Biblioteca Americana.
Visitó la Araucanía, viaje que le llevó a escribir su obra Los aborígenes de Chile.
Iniciada la guerra del Pacífico, se trasladó al norte para ofrecer sus servicios. Así, ejerció el cargo de auditor de guerra del ejército de reserva, y más tarde el de juez de letras en Iquique. En 1883, se le encargó la formación del Archivo de la Capitanía General.
A fines de 1884, fue nombrado secretario de la legación chilena en España, de la cual era ministro plenipotenciario Patricio Lynch. Aquí, aprovechó de indagar en bibliotecas y archivos españoles.
A su regreso había obtenido unas 17.799 páginas copiadas y listas para imprimir.
En 1887, publicó Historia de la Inquisición en Lima, y, al año siguiente, sus obras más recordadas, la Colección de
Historiadores de Chile y la de Documentos inéditos para la Historia de Chile.
La revolución de 1891, en la cual era partidario del presidente Balmaceda, interrumpió sus labores, trasladándose a Argentina y de ahí a Europa.
Volvió en 1895, reanudando la publicación de sus colecciones.
La Universidad de Chile (1897) lo nombró miembro académico, ocupando la primera cátedra de Historia Documental Americana y Chilena.
En 1902, partió al Viejo Continente a estudiar la organización de los archivos y bibliotecas públicas europeos. Su quinto viaje lo realizaría en 1912, comisionado por el Ministerio de Instrucción Pública para que investigara la organización del Archivo Notarial de Madrid.
En 1925, donó su biblioteca de estudio -compuesta por 60.000 impresos, 1.668 manuscritos originales y 8.659 documentos transcritos- al gobierno chileno. Por ello, hoy una sala de la Biblioteca Nacional lleva su nombre.
Falleció en Santiago el 11 de diciembre de 1930.
Glosario
– Auditor de guerra: Funcionario del cuerpo jurídico militar que informa sobre la interpretación o aplicación de las leyes y propone la resolución correspondiente a procedimientos instruidos en el ejército, donde tiene su destino.
¿Sabías que?
Medina instaló en su casa un taller de IMPRENTA al que llamó Ercilla.