Nació en 1545 en Trujillo, España, hijo de Gutierre de Sotomayor y de Beatriz de Valmediano. En enero de 1590 contrajo matrimonio con Isabel de Zaráte.
Sotomayor era uno de los oficiales más importantes de ejército español, con una carrera que había comenzado a los 15 años de edad. Veinte años después, ya como capitán de los ejércitos españoles en Flandes, era un profesional tan reconocido, que se ganó el respeto del Duque de Alba y de Juan de Austria.
El mismo Rey Felipe II, en vista de los graves acontecimientos que se produjeron en Chile, decidió prescindir de sus servicios en Europa y nombrarlo Gobernador del Reino (1581).
Terminada su misión en Chile (1591), se le encargó el gobierno de la provincia de Panamá, amenazada por las acciones de corsarios ingleses.
En enero de 1604 nuevamente se le designó en la Gobernación de Chile, responsabilidad que rehusó aceptar. Estando en España, fue nombrado consejero de las Indias (1609) y más tarde quedó encargado de la expulsión de los moriscos del Reino de Toledo. Como miembro de la Junta de Guerra de Madrid, se opuso enérgicamente a la adopción del sistema de guerra defensiva en Chile, impulsado por el Padre Luis de Valdivia. Murió en mayo de 1610 a los 65 años.
El viaje a Chile
El nombramiento de Sotomayor como Gobernador del Reino de Chile se concretó el 19 de marzo de 1581. Su partida desde el puerto de San Lúcar de Barrameda se verificó a fines de septiembre siguiente; iba con 600 hombres y su travesía hacia Chile estuvo plena de dificultades. No sólo porque una tempestad los sorprendió en Cádiz, sino además porque las naves no pudieron encontrar la boca oriental del Estrecho de Magallanes, debiendo retornar hacia el norte. Sotomayor decidió quedarse en Buenos Aires y de ahí dirigirse a Chile cruzando la Cordillera de los Andes. El 19 de septiembre entró a Santiago.
El Reino en problemas
La situación de Chile al momento de la designación de Sotomayor era crítica, y el Gobernador Rodrigo de Quiroga, ya viejo y enfermo, no era capaz de manejarla. La Guerra de Arauco no disminuía y lo que más preocupaba a Felipe II eran las noticias de las correrías de los corsarios ingleses por las costas del territorio, las que aumentaban los temores de una penetración inglesa en el Pacífico. Esto ponía en riesgo no sólo el comercio entre Perú y Panamá, sino también el mismo virreinato peruano, verdadero baluarte español en América.
Rápidamente, Sotomayor se hizo una idea de lo que ocurría en el territorio, tal como lo relatara a Felipe II: «Hallo este reino afligidísimo, pobre y disipado de todos los medios que me pueden ayudar. La gente de guerra que hay en él (recargada)de muchos servicios, licenciosa y libre, acostumbrada a grandes socorros. La que yo traigo, desnuda, y perdida; y a los unos y a los otros les parece que mi venida ha sido para remediarlos a todos y cumplirles sus pretensiones. Los mercaderes muy pobres por las derramas continuas que se les han echado. Los vecinos consumidos. La caja de V.M. tan pobre que no alcanza a los salarios de los oficiales y míos de manera que por todas partes me veo imposibilitado para conseguir lo que deseo…».
Medidas de gobierno
Entre las primeras medidas tomadas por Sotomayor se contó la eliminación de la Tasa de Gamboa, que desde 1580 había decretado la abolición del servicio personal de los indígenas, a cambio de un pago de oro a los encomenderos. Para evitar los abusos que se cometían con los indígenas encomendados, Sotomayor introdujo algunas reformas a la antigua Tasa de Santillán, tales como la designación de funcionarios para el control del trabajo indígena y la reducción de los castigos.
La Guerra de Arauco
Sotomayor se abocó a conseguir los recursos necesarios para lograr la pacificación del Reino, tratando de hacer efectiva una Real Cédula que disponía que el Virrey del Perú debía asistirlo con todos los auxilios necesarios. Así, la guerra no registró grandes movimientos, pues se estaba a la espera del arribo de los refuerzos que mandó traer de España (1586).
Finalmente, de los 700 hombres enviados sólo llegaron 400, y con ellos organizó un ataque contra los naturales. El entoces Virrey del Perú, García Hurtado de Mendoza, consideraba urgente entrar al territorio enemigo y repoblar las ciudades y fuertes destruidos por los naturales. La campaña militar se inició a orillas del río Biobío en noviembre de 1590. El triunfo obtenido permitió a los españoles seguir hasta Arauco, a orillas del río Carampangue. Sotomayor fundó una plaza militar a la que denominó San Ildefonso, en la que decidió permanecer sin intentar repoblar y fundar nuevos sitios por falta de recursos.
Esto facilitó el asedio de ella por parte de los mapuche y para mayor desgracia, los indígenas amigos fueron diezmados por una epidemia de viruela. Poco después, tuvo que dedicarse a la reconstrucción del Fuerte de Arauco, que se había incendiado.
Alejado de la gobernación
La falta de recursos era el único argumento que Sotomayor tenía para explicar la situación que se vivía. Por su parte, tanto el Rey como el Virrey estaban convencidos de que el problema no era asunto de recursos sino de liderazgo militar. Insistiendo en su postura, Alonso de Sotomayor decidió partir hacia Lima a pedir refuerzos. En agosto de 1591, recaló en el Callao y estando allí supo que había sido relevado de su cargo: Felipe II designó a Martín García Oñez de Loyola como nuevo Gobernador de Chile.
Muere Alejo Carpentier