En la Región de Atacama se dan dos condiciones hidrográficas: una, en la cordillera de los Andes, de carácter endorreico (no desembocan en el mar), y la otra, en los valles, de características exorreicas (que llegan al mar).
Los endorreicos se encuentran al norte del río Copiapó, en donde hay varios salares, como el de Pedernales y el de Maricunga. A estos se suman las lagunas Verde, Santa Rosa y del Negro Francisco, que albergan un gran variedad de fauna, principalmente, aves.
Los exorreicos tienen un escaso caudal y su régimen de alimentación es de carácter pluvionival (o mixto), es decir, consumen aguas que vienen del derretimiento de las nieves y de las escasas precipitaciones que se registran en esta zona.
Los principales sistemas hídricos de esta región son:
• Quebrada del Salado: constituye el límite entre la hidrografía endorreica y exorreica. Tiene una longitud de 175 km y una hoya hidrográfica de 8.000 km² . Su cauce se presenta, generalmente, casi seco, pero en los meses del invierno altiplánico (enero-febrero) su caudal aumenta.
• Río Copiapó: posee una longitud cercana a los 150 km y una hoya de 18.407 km² . Su caudal es de 1,9 m3/s y sus principales afluentes son los ríos Jorquera, Pulido y Manflas.
• Río Huasco: tiene, aproximadamente, 200 km de largo y una cuenca de 9.960 km² . Nace de la unión de los ríos Tránsito y Carmen. Su caudal es mayor al del Copiapó con 3,25 m3/s.
Laguna del Negro Francisco
Se encuentra a 4.126 msnm en el Parque Nacional Nevado de Tres Cruces. Tiene una superficie de 880 km² . Es la continuación de los salares de Maricunga y Pedernales, que están en la zona andina.
En ella habitan numerosas aves como la Tagua cornuda (Fulica cornuta), el Pato salvaje (Anas platyrhynchos), el Ganso andino (Chloephaga melanoptera) y grandes bandadas de flamencos. También, es frecuente observar a su alrededor grupos de guanacos y vicuñas.
Día Mundial del Libro y del Derecho de Autor