El Congreso contaba con la adhesión de la mayor parte de la escuadra, que quedó bajo el mando del capitán de navío Jorge Montt Álvarez. Pero para que el movimiento de la armada no fuera tomado como un simple pronunciamiento, los marinos exigieron que se embarcaran los presidentes de ambas Cámaras, lo que inmediatamente hicieron Ramón Barros Luco, presidente de la Cámara de Diputados, y Waldo Silva, vicepresidente del Senado.
Sin embargo, el acta de deposición del presidente no fue dada a conocer públicamente, ni siquiera a Balmaceda, hasta meses más tarde, para no agravar los hechos y conseguir el apoyo del ejército, ante lo cual el presidente se habría visto obligado a deponer su actitud, evitando de ese modo la guerra civil.
Pero como el Ejército se mantuvo leal a Balmaceda, el 7 de enero de 1891 la escuadra partió rumbo al norte, zona donde se ubicaban las salitreras, las cuales serían como su caja de fondos.
Además, esperaban que la opinión de los habitantes de esa región les fuera más favorable, debido a que el gobierno había reprimido fuertemente algunas huelgas activadas por la carestía derivada del bloqueo.
Enterado el mandatario del alzamiento, dictó un decreto por el cual asumía todo el poder público.
Entre las actividades que desarrolló se preocupó de elevar en un 50% los sueldos del ejército, crear nuevos cuerpos militares y policiales, destituir a los marinos amotinados, suspender las comunicaciones telegráficas y telefónicas entre particulares e interceptar la correspondencia de los sospechosos.
También decretó la prisión de los principales caudillos de la revolución, aunque consiguió aprehender a muy pocos.
Batalla de Lircay