Nació en Santiago en 1815, en la familia formada por el general Santiago Aldunate y Toro, y Ana Josefa Avaria y Ortiz. Fue alumno del Instituto Nacional y posteriormente se incorporó a la Escuela Militar, donde inició una breve carrera como uniformado.
En 1838 participó en la guerra contra la Confederación Perú-Boliviana. Al año siguiente dejó las armas y se dedicó a la agricultura, tras lo cual decidió ingresar al curso de Arquitectura que dictaba el Instituto Nacional. Sus aptitudes y buen rendimiento le significaron el apoyo del gobierno, que lo envió a terminar sus estudios a Francia, en 1860.
A su regreso al país (mediados de 1861), la administración de Manuel Montt lo nombró arquitecto del Ministerio de Industrias y Obras Públicas. Como tal, llevó a cabo y participó en importantes proyectos edilicios y ornamentales que perduran hasta el día de hoy.
En 1872 Aldunate renunció a sus labores públicas, no obstante ello, fue nuevamente contratado para realizar proyectos de gobierno, en reemplazo del arquitecto Lucien Hernault. Además, desde 1865 se hizo cargo de la cátedra de Arquitectura de la Universidad de Chile.
Falleció en Santiago en 1904, rodeado del cariño de sus alumnos.
Trabajo público: proyectos y planos
Sus primeras obras trabajando para el gobierno fueron la construcción de los almacenes fiscales y de la Casa Consistorial, ambos de la ciudad de Valparaíso. En Santiago, estuvo a cargo del levantamiento del edificio del Congreso Nacional, que había sido iniciado en 1848 por el arquitecto francés François Brunet Des Baines y terminado por Lucien Hernault (1855-1876), después de lo cual la obra fue intervenida por Aldunate.
También le cupo realizar los planos del Parque Cousiño y del conjunto arquitectónico del Cerro Santa Lucía. Este último fue un proyecto arquitectónico urbano paisajístico, concebido por el Intendente de Santiago, Benjamín Vicuña Mackenna, en 1872, año en que comenzó su construcción. Junto a Aldunate, participaron en este proyecto -primitivamente ideado como fortaleza militar- el constructor Enrique Henes y el cantero Andrés Staimbuck.
Luego del incendio que arrasó con las modestas instalaciones del Mercado Central de Santiago (a mediados de los años 60), la Municipalidad le encargó el diseño de un establecimiento sólido, cuya construcción solo pudo iniciarse en 1872, dirigida por Fermín Vivaceta.
Libre ejercicio de la profesión
Entre los proyectos particulares de Aldunate, cabe destacar el diseño de los planos y la dirección de los trabajos de construcción del palacio del rico comerciante José Tomás Urmeneta y del Palacio de la Alhambra.
Quizás la más particular obra de Aldunate, este último fue diseñado y proyectado por él en 1862, por encargo del empresario minero Francisco Ignacio Ossa Mercado, para residencia particular. La característica fundamental de este edificio -ubicado en calle Compañía 1340- es la decoración, basada en la repetición de elementos formales del Palacio de la Alhambra en Granada, España.
Sorpresa de Yerbas Buenas