Nació en Talca el 10 de septiembre de 1874, y fue hijo de Pacífico Encina Romero y Justina Armanet, que conformaban una pudiente familia de propietarios agrícolas de Isla de Maule. Realizó sus estudios secundarios en el liceo de su ciudad natal, obteniendo máximas distinciones. Cursó la carrera de Leyes en la Universidad de Chile y se tituló de abogado en 1896. Se casó con Amelia Barker Romero.
Luego de un corto período de ejercicio de la abogacía, decidió dedicarse a la administración de su fundo El Durazno, actividad que compartió con la lenta recopilación de material y lectura orientada a realizar una monumental historia de Chile. Alternaba su aislamiento con estadías en Santiago en la Biblioteca Nacional y luego en el Congreso Nacional.
Regresó a Santiago e ingresó al Partido Nacional, junto a otros jóvenes de su época como Alberto Edwards y Guillermo Subercaseaux. Fue diputado por Linares, Parral y Loncomilla, por dos períodos, entre 1906 y 1912. En el Congreso expuso sus ideas nacionalistas, contrarias al liberalismo económico.
Nuestra Inferioridad Económica
En 1911 Encina dictó un curso dirigido especialmente a los «profesores y preceptores nacionales», donde exponía las razones de Nuestra Inferioridad Económica. Causas y Consecuencias, como se llamó el libro en el cual lo plasmó. Este es considerado de gran importancia por la notable percepción de la realidad y los problemas de la época.
En 1915 se retiró del Partido Nacional y fue uno de los fundadores de la Unión Nacional, colectividad de ideales nacionalistas y modernos, que no prosperó. Se alejó de la política activa.
Su Historia de Chile
Sin descuidar sus actividades agrícolas, Encina dedicó muchas horas al estudio; se decía que los volúmenes de su biblioteca llegaban a 20 mil. En 1934 fue incorporado a la Academia Chilena de la Historia y al año siguiente publicó La Literatura Histórica de Chile y el Concepto Actual de la Historia.
En 1940 publicó el primer tomo de su obra maestra Historia de Chile desde la Prehistoria hasta 1891, con un total de 11 mil páginas en 20 tomos aparecidos entre 1940 y 1952. Con justicia esta ha sido calificada como el máximo esfuerzo individual realizado en el género de la historiografía americana. El historiador logró entusiasmar y cautivar a un amplio público lector.
En 1952 publicó la obra La Presidencia de Balmaceda y dos años después apareció su obra Bolívar y la Independencia de América.
El Premio Nacional de Literatura y otros reconocimientos
En 1955 se le otorgó el Premio Nacional de Literatura; no existía el de Historia. En 1957 se le honró con los premios la Medalla de Oro de la Acadmia Chilena de la Historia y de la Academia de la Lengua.
Murió en Santiago el 23 de agosto de 1965, a los 91 años de edad. El gobierno decretó tres días de duelo oficial a raíz de su fallecimiento.
Muere Evita