Después de la conquista de Panamá llegaron noticias de que al sur existía un imperio sumamente rico en oro, conocido con el nombre de Birú o Pirú. Para aventurarse en esta nueva empresa, Francisco Pizarro se asoció con Diego de Almagro y el cura Hernando de Luque.
A la llegada de los españoles a Sudamérica, el pueblo prehispánico más importante era el inca, establecido como imperio en las mesetas andinas de los actuales Perú-Bolivia y cuyo capital era la ciudad de Cuzco. En 1531, Francisco Pizarro inicia la conquista de este imperio, viéndose favorecida por la guerra civil entablada entre los sucesores del Inca, los hermanos Atahualpa y Huáscar. Capturó a Atahualpa en Cajamarca. Estando prisionero, el emperador se percató del obstinado deseo de los españoles por conseguir riquezas, y, así, aprovechándose de su debilidad, decidió ofrecer a cambio de su libertad un cargamento de oro. Pizarro aceptó la propuesta y Atahualpa mandó a traer los tesoros. Sin embargo, el conquistador decidió no cumplir el trato y dio muerte a Atahualpa (26 de julio de 1533).
La noticia de su muerte dispersó los ejércitos incas, por lo que Pizarro pudo tomar el Cuzco. Luego, los españoles fundaron una serie de ciudades con el fin de consolidar el poder español: Quito, Trujillo y Lima. Desaparecía así otra gran cultura americana.
Desde las tierras incaicas se conquistaría el resto del continente sudamericano A partir de 1550, todos los territorios americanos conquistados por los españoles se encontraban en manos de funcionarios reales (virreyes y gobernadores), quienes reemplazaron en el poder a los jefes militares.
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