El período comprendido entre 1561 y 1600, con la excepción del gobierno de Alonso de Sotomayor (1583-1592), fue una sucesión de calamidades: continuó la guerra de Arauco; una epidemia de viruela ocasionó muchos muertos entre los indios que trabajaban en las minas; hubo dos grandes terremotos: el de Concepción, en 1570, y el que destruyó las ciudades al sur del Biobío, en 1575. Además, los corsarios ingleses atacaron las costas chilenas, entre ellos Francis Drake, que saqueó e incendió Valparaíso.
Los gobernadores que sucedieron a Francisco de Villagra, Pedro de Villagra (1563-1565), Rodrigo de Quiroga (1565-1567 y 1575-1580), la Real Audiencia de Concepción y su presidente, Melchor Bravo de Saravia (1567-1575), Martín Ruiz de Gamboa (1580-1583), Alonso de Sotomayor (1583-1592) y, por último, Martín García Óñez de Loyola (1592-1598), se avocaron, fundamentalmente, a tratar de finiquitar el conflicto de Arauco, pero la suerte les fue esquiva. De hecho, a finales del siglo XVI resurgió la resistencia indígena, dirigida por los toqui Pelantaro y Anganamón, en lo que se conoce como desastre de Curalaba (23 de diciembre de 1598), donde murió el gobernador Martín García Óñez de Loyola y toda su gente. Además, las siete ciudades construidas al sur del Biobío –Santa Cruz, Angol, Concepción, La Imperial, Villarrica, Valdivia y Osorno– fueron arrasadas, murieron más de mil soldados y fueron capturados 400 mujeres y niños españoles y mestizos.
Este desastre y el término del gobierno de Hurtado de Mendoza son los hechos que marcan el fin de la Conquista. Curalaba también constituía el mayor revés para los españoles en tierra americana, ya que el terreno perdido no volvería a recuperarse, efectivamente, en los doscientos años siguientes.
Muere Evita