Tras la muerte de Pedro de Valdivia, los cabildos del sur, Santiago y La Serena nombraron paralelamente tres gobernadores: Francisco de Villagra, Rodrigo Quirogay Francisco de Aguirre. En tanto, la Corona, respetando el testamento de Valdivia, nombró a Jerónimo de Alderete, extendiendo los límites de la Nueva Extremadura hasta el Estrecho de Magallanes, y encargándole la toma de posesión hasta el polo sur (1555).
Pero Alderete murió antes de llegar a Chile. En 1557, para poner fin a la disputa entre Aguirre y Villagra, el virrey del Perú, Andrés Hurtado de Mendoza, designó a su hijo García Hurtado de Mendozacomo nuevo gobernador de Chile. Este llegó acompañado por más de 400 hombres, entre ellos dos nobles: Francisco de Irarrázaval y el poeta Alonso de Ercilla y Zúñiga, célebre por su poema épico La Araucana.
Después de mandar a Aguirre y Villagra presos al Perú, la principal tarea de Hurtado de Mendoza fue una nueva embestida contra los mapuche. Los venció en Lagunillas y Millarahue e hizo asesinar a sus principales cabecillas, entre ellos Galvarino. Reconstruyó Concepción y el fuerte de Tucapel y fundó Cañete (1558).
Como reacción a estas fundaciones, los mapuche se rebelaron dirigidos por Caupolicán, pero finalmente salieron huyendo. Los españoles respondieron con un ataque sorpresivo donde acampaba el toqui, a quien asesinaron atravesando su cuerpo con un palo aguzado.
Continuando la exploración hacia el sur, visitaron las ciudades de Imperial, Villarrica y Valdivia y continuaron por los bosques casi impenetrables, cruzando los ríos Bueno y Rahue, hasta llegar al Golfo de Reloncaví. Desde ahí, recorrieron el Canal de Chacao en piraguas y llegaron a la isla de Puluqui (frente al actual Calbuco en la X Región). De regreso al norte, fundaron Osorno (1558). Se había recorrido por completo la gobernación de Nueva Extremadura.
Junto con la expansión hacia el sur del territorio colonizado, aumentó la población española gracias a la llegada de mujeres de esa nacionalidad. Eran esposas o parientes de los conquistadores. Al mismo tiempo, los hijos o hijas de españoles e indias eran casados con españoles.
Pese a los logros frente a los mapuches, en 1559 el rey destituyó a García Hurtado de Mendoza y a su padre, el virrey del Perú, por los informes que le habían llegado de que ambos eran muy autoritarios. Años después, García fue perdonado y nombrado virrey del Perú (1589-1596).
Como gobernador se nombró a Francisco de Villagra -el cambio se produjo en 1561-, para compensar el apresamiento del que fue víctima a la llegada de su antecesor a Chile.
La Araucana
Poema épico escrito por Alonso de Ercilla y Zuñiga, quien llegó a Chile junto a García Hurtado de Mendoza, participó en siete combates y recorrió el territorio hasta Chiloé. En base a estas experiencias, el autor construyó un relato que destaca el esfuerzo y valor de los soldados españoles y exalta a los héroes mapuches durante la conquista.