La estructura física de los hongos es muy variable. Va desde las microscópicas levaduras, que son unicelulares, hasta la de los mohos, multicelulares. En la mayor parte de los hongos, la pared celular está formada por quitina, la misma sustancia dura que tienen los insectos y crustáceos. Esta característica también marca una diferencia con las plantas, ya que la celulosa, que constituye la pared celular de los vegetales, es menos resistente que la quitina a la degradación.
La mayor parte de los hongos son mohos filamentosos, es decir, tienen extensiones parecidas en la forma a los tallarines. Estos filamentos ramificados de células se llaman hifas, y forman un laberinto o agrupación parecido a un tejido, conocido como micelio. Por ejemplo, lo que se aprecia en forma de telaraña sobre el pan descompuesto es el micelio de un hongo; pero este también se extiende bajo la superficie del pan.
Aunque por lo general los hongos se desarrollan mejor en ambientes húmedos y oscuros, en realidad se encuentran en cualquier sitio donde haya materia orgánica a la mano. La humedad la pueden obtener de la atmósfera o del medio en que viven. Y si la sequedad amenaza, comienzan a reposar o producir esporas (elementos reproductores) resistentes a la sequía. También muchos hongos pueden sobrevivir en soluciones salinas concentradas (líquidos con mucha sal) o soluciones azucaradas, como la jalea, a diferencia de las bacterias. Incluso, los hongos pueden salir adelante bajo temperaturas extremas, invadiendo alimentos refrigerados.
Los cuerpos fructíferos
Las esporas de los hongos son esparcidas por el viento o por los animales. Pueden ser originadas tanto por reproducción sexual (por intercambio genético entre distintos individuos) como asexual (por partición del mismo individuo). Se originan comúnmente en la parte aérea de las hifas que están en contacto con la atmósfera, por sobre la fuente de alimento. En ciertas clases de hongos, como las setas, las hifas aéreas conforman grandes y complejas estructuras reproductivas en las cuales se producen las esporas. Estas estructuras, que muchas veces las llamamos hongos (como los champiñones), se conocen como esporocarpo o cuerpo fructífero.
La mayor parte de los hongos se reproducen sexualmente por esporas. Sin embargo, en el caso de las levaduras se perpetúan de manera asexual, en particular por gemación o yemación, cuando se forma una pequeña protuberancia (yema) que con el tiempo se aparta de la célula madre. Aunque también se reproducen por fisión (se dividen en partes iguales).
Las células fungales poseen, por lo general, un núcleo haploide (con la mitad de sus cromosomas). En la reproducción sexual, los hongos realizan algún tipo de conjugación (intercambio de material genético), en la cual hifas de dos individuos diferentes se unen y fusionan sus núcleos, formando un cigoto (célula única fertilizada) diploide (con todos sus cromosomas).
Se da el caso que, en dos grupos de hongos (ascomicetos y basidiomicetos, que más adelante veremos), las hifas se unifican, pero los dos núcleos distintos no se fusionan de inmediato, sino que permanecen separados dentro del citoplasma fungal. Estas hifas reciben el nombre de dicarióticas, y las que contienen solo un núcleo haploide por célula se llaman monocarióticas.
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