Nació hacia 1519. Fue oidor de la Audiencia de Lima en 1548. Nueve años más tarde, en 1557 viajó a Chile junto al nuevo Gobernador García Hurtado de Mendoza, quien habiendo llegado a Coquimbo en octubre de ese año, lo nombró como justicia mayor y teniente general suyo en esas proviencias.
En 1561 ejercía nuevamente en Lima el cargo de oidor. Dos años después se le ordenó fundar la Real Audiencia de Quito (septiembre de 1564), donde muchas de sus actuaciones y resoluciones judiciales fueron criticadas por los afectados.
Por ejemplo, en junio de 1566 un vecino llamado Francisco Martín dirigió una carta al Rey acusándolo de desfavorecer a los leales servidores de su majestad y de ciertas arbitrariedades.
Casado con Ana de Villegas en 1555, falleció en Lima el 8 de junio de 1574.
La encomienda
Hernando de Santillán llegó a Chile formando parte de la comitiva del Gobernador García Hurtado de Mendoza, asumiendo el cargo de teniente general y, por lo tanto, las funcioones de juez superior. Se le asignó un sueldo de tres mil pesos de oro anuales, con la prohibición de tomar encomiendas o repartimientos.
Una de sus principales tareas al momento del repoblamiento de Concepción (1558), fue el estudio del régimen de encomienda a que estaban sometidos los indígenas. El letrado se trasaldó a Santiago para visitar los establecimientos españoles y analizar la condición de los naturales, que eran sometidos a constantes malos tratos.
La experiencia demostraba a Santillán que no era posible eliminar la encomienda de servicio personal , único premio a los conquistadores que sin ella no habrían podido explotar sus tierras y extraer oro de los lavaderos. Esta última actividad también era de importancia para la Corona, puesto que sus rentas en Chile dependían del impuesto que se cobraba a los metales preciosos, el quinto real de oro.
La Tasa de Santillán
Tomando estos y otros aspectos en consideración, Santillán presentó al Gobernador un proyecto de ordenanza que reformaba la situación existente. El texto fue sancionado por Hurtado de Mendoza el 20 de enero de 1559 y se conoció como la Tasa de Santillán.
La Tasa estableció el sistema de mita, que consistía en la obligación del cacique de un grupo de enviar un indígena de cada 6 para las minas, y uno de cada 5 para el trabajo agrícola. Se eximía del trabajo a las mujeres y hombres menores de 18 años y mayores de 50 y se ordenaba que los indígenas fueran mantenidos por los encomenderos, quienes además debían curarlos en la enfermedad, cuidar de su evangelización, y no ocuparlos como bestias de carga ni hacerlos trabajar los domingos y festivos. Se confirmaba la existencia de los alcaldes de minas encargados de hacer cumplir las disposiciones en los lavaderos de oro.
Muere Alejo Carpentier