Luego del triunfo del bando congresista o constitucionalista, Montt fue elegido Presidente de la República. A pesar de su resistencia a asumir el cargo, los partidos vencedores le obligaron a aceptar la candidatura y, sin otros competidores, logró salir electo con mayoría absoluta.
Bajo su gobierno se hicieron las únicas reformas constitucionales de todo el período parlamentario, entre las que se cuentan las siguientes:
12 de diciembre de 1891
- la que requería el acuerdo del Senado para el nombramiento de los Ministros y diplomáticos.
- la que otorgaba a la Comisión Conservadora la facultad de convocar al Congreso a sesiones extraordinarias cuando fuese necesario.
9 de julio de 1892
- la aprobación de las incompatibilidades parlamentarias, aprobadas bajo el gobierno de Balmaceda.
26 de julio de 1893
- la que permitía a las cámaras del Congreso insistir en un proyecto de Ley vetado previamente por el Presidente. Anuló de hecho el veto absoluto, acrecentando el poder del Parlamento.
Durante este gobierno se pusieron de manifiesto los primeros indicios de las rivalidades políticas que terminaron en las crisis ministeriales. Si bien el presidente llamaba a organizar gabinetes con personas connotadas, pronto los ministerios eran derribados por razones de muy poca importancia. Lo anterior significó el comienzo del parlamentarismo anárquico que caracterizó al período comprendido entre los años 1891-1925.
